Для игры в разных жанрах используются разные виды сямисэна. Для их различения применяется две основные системы: три группы по толщине грифа, а также характеристика через жанр музыки, в которой используется конкретная разновидность. Большинство сямисэнов укладываются в классификацию по толщине грифа, которая обычно положительно коррелирует с величиной корпуса (чем толще гриф, тем больше корпус) и толщиной струн.
Разновидности:

• футодзао, жанры: хаута, като-буси, коута, эдо-нагаута, огиэ-буси, томэй-буси, ямада-рю, дзоккёку;
• тюдзао, жанры: иттю, хаута, дзиута, камигата-нагаута, камигата-ута, като-буси, киёмото-буси, коута, минъё, миядзоно, синнай, токивадзу, томимото, утадзава;
• хосодзао, жанры: гидаю-буси, роккёку, сэккё.

Различение по жанру более тонкое, оно включает общую длину инструмента, материал и толщину мембраны, высоту и вес порожка, толщину струн и вид плектра, и другие параметры. К примеру, и гидаю-сямисэн, и цугару-дзямисэн относятся к футодзао, однако отличаются формой плектра и манерой его держать, разновидностью савари и толщиной струн. С другой стороны, исполнители одного жанра могут предпочитать для всех или конкретных произведений инструмент, который обычно используется в другом жанре.
Собственные разновидности конкретных жанров:

• гидаю-буси,
• токивадзу,
• киёмото-буси,
• дзиута,
• нагаута,
• коута,
• минъё,
• цугару-дзямисэн,
• янагава-сямисэн, имеющий самый тонкий гриф и наименьший по размером корпус, обтянутый тонкой кошачьей кожей. Этот сямисэн был изобретён в Киото и используется в одной школе дзиуты и некоторыми гейшами.

Также сямисэны отличаются тем, как гриф входит в корпус с лицевой стороны: у нагаута-, токивадзу-, киёмото-, гидаю-буси- и янагава-сямисэнов в этом месте имеется плавная кривая, называемая «голубиной грудью», а у цугару- и дзиута-сямисэна накладка продолжается дальше, и гриф изгибается под более острым углом.

Кото

Японский национальный струнный инструмент, подобный китайскому гучжэну, вьетнамскому данчаню и корейскому каягыму. Кото произошёл от китайского инструмента под названием гучжэн, после того как тот попал в Японию из Китая примерно в VII—VIII веке. Несмотря на это, корни как и гучжэна, так и соответственно кото, видны по всей Азии, в том числе в Монголии и Вьетнаме.

Со времени появления в Японии кото не претерпел принципиальных изменений. Классификация кото производится по нескольким признакам:

• гакусо— используется в гагаку; длина 188,5 см;
• цукуси-гото — кото для игры в классической традиции музыки «сокёку», используется в почти исчезнувшем жанре цукуси-рю;
• дзокусо — используется в одноимённом жанре «сокёку», ассоциируется с менее знатными слоями населения;
• кото Икуты — изобретено Икутой Кангё в XVII веке. У исконных кото Икуты длина корпуса была 177 см, у современных — 189,5 см;
• кото Ямады — изобретено Ямадой Кангёпосле кото Икуты. Имеет более широкий звуковой диапазон, длина корпуса — 182 см;
• синсо— несколько современных разновидностей, многие из них изобретены Митио Мияги в XX веке. Среди них:
• 17-струнное кото, «дзюситигэн», известное как «басовое», используется и в оркестрах, и как сольный инструмент,
• 80-струнное кото,
• тансо — малое кото, на котором играют, положа на колени.

В конце XX века под «кото» в первую очередь понимают кото Ямады. Определить разновидность кото можно по виду ножек и форме отверстия в деке. Толщина струн, высота и толщина кобылок, форма плектров также разнятся между школами.
Новейшая разновидность кото, «нео-кото», имеет укороченную на треть деку, колки подобно гитаре, а также окрашенные струны.

Итигэн-кин и нигэн-кин

Кото с одной и двумя струнами не имеют подвижных кобылок, ввиду чего они относятся к тому же классу инструментов, что и китайский цисяньцинь (кроме того, дека итигэн-кина изначально изготовлялась из цельного куска древесины, как у цисяньцина).
Итигэн-кин имеет длину около 110 см и 10-сантиметровую ширину, изобретён в Китае и привезён в Японию в конце XVII века. Под струнами расположено 12 порожков. Исполнитель прижимает струну бамбуковым или костяным когтем-напёрстком, надетым на средний палец левой руки, а правой рукой с аналогичным когтем на указательном пальце защипывает струну. Играющий на итигэн-кине обычно одновременно и поёт.
Нигэн-кин — общее название двух разных исконно японских инструментов — якумо-гото и адзума-рю-нигэн-кин адзумарю: нигэнкин, изобретён около 1870 года), развившегося из якумо-гото. Якумо-гото имеет сходные с итигэн-кином размеры, выпуклую деку и колки. Техника игры также похожа на итигэн-кин, за исключением того, что левая рука всегда лежит на струнах, кроме случаев, когда нужно сыграть самую нижнюю ноту. Использование якумо-гото в основном ограничено церемониями религии оомото.
Адзума-рю-нигэн-кин был создан в Токио барабанщиком кабуки Тося Росэном в начале периода Мэйдзи.

Фуэ

Семейство японских флейт. Фуэ обычно обладают высоким звучанием и изготавливаются из бамбука. Самая популярная фуэ — сякухати. Предок фуэ — китайская свирель «пайсяо». В V веке флейты появились в Японии, распространились в период Нара. Комусо секты Фукэ вскоре стали использовать фуэ для «медитации дуновением». Современные фуэ могут быть как солирующим, так и оркестровым инструментом.

Синобуэ

Поперечная флейта с высоким тембром. Используется в японском оркестре хаяси и при исполнении нагаута. Сякухати — важный инструмент в музыкальном сопровождении постановок театров но и кабуки. На сякухати исполняют синтоистскую музыку кагура и просто народные песни. Существует два стиля исполнения: ута и хаяси. Флейта для исполнения в стиле ута настраивается на западную нотную шкалу и может играть соло. Хаяси-синобуэ не настраивается, производит высокий немелодичный звук.

Хоттику

Фуэ из бамбукового корня. После обработки на толстом конце прикорневого стебля остаются кольца. Та же часть бамбука используется для производства сякухати, но хоттику не лакируется, и отверстие для губ остаётся необработанным. Хоттику иногда называют «дзинаси нобэкан», «без дзи, в одну трубку (в отличие от сякухати, хоттику цельная)».
У хоттику четыре отверстия для пальцев сверху и одно снизу (для большого пальца). Диапазон звучания составляет как минимум две октавы. Хоттику может быть любой длины, чем длиннее инструмент — тем ниже у него тембр. Обычно (не всегда) хоттику длиннее сякухати и почти всегда толще.
Техника игры на хоттику аналогична игре на сякухати, хотя звук хоттику не такой чистый и ровный. Угол утагути, то есть, отверстия для губ, у хоттику ближе к 90°, но выбор угла зависит также от размера бамбука. Угол утагути и отсутствие лака придают звуку хоттику грубый и придыхательный тембр. Хоттику используется в суйдзэн, «медитации дуновением». Играть в жанре хонкёку, изобретённом последователями секты Фукэ, может лишь исполнитель высокого уровня мастерства. Так как хоттику не настраивается, обычно она выступает соло.

Хитирики

Небольшой (не длиннее 20 см) бамбуковый духовой инструмент с двойной тростью. Хитирики обладает певучим, однако несколько гнусавым, а в верхнем регистре — резким тембром. Тональный диапазон — одна октава.

Комабуэ

Поперечная флейта с шестью отверстиями для пальцев, использующаяся в японской придворной музыке гагаку и комагаку. Изготавливается из бамбука. Имеет около 36 сантиметров в длину, короче флейты рютэки. Изготовлением комабуэ исторически занимается семья Ога.

Рютэки

Бамбуковая японская поперечная флейта длиной около 40 см и диаметром 1,3 см, с семью отверстиями. Используется в гагаку. Звучание рютэки изображает драконов, летающих в небесном свете (его изображает сё), за которыми наблюдают люди (хитирики). Рютэки — одна из трёх флейт, на которых играют гагаку. Тембр рютэки ниже, чем у комабуэ, но выше, чем у кагурабуэ. В XX веке рютэки, как и сямисэн, стали использовать в современной музыке. Рютэки при исполнении держат горизонтально.

Нокан

Японская поперечная флейта, использующаяся для аккомпанирования представлениям театров но и кабуки. Её создали актёр театра но Канъами Киёцугу и сын Канъами, Дзэами Мотокиё в XIV веке, когда они реформировали но, введя в него традиционные танцы дэнгаку и саругаку.
Для изготовления нокан используются склеенные и перевязанные вишнёвой корой щепки копчёного бамбука сусудакэ. При этом поверхность бамбукового ствола оказывается внутри, что улучшает звук. Длина нокана около 39,1 см, средняя ширина — 1,7 см. В нокане просверливается 7 отверстий для пальцев.
В нокане имеется «горло», отверстие шириной 2-3 мм. Благодаря нодо, нокан может издавать фальцетный звук (эффект Вентури). Также конструкция предусматривает помещение в особое отверстие овального свинцового мундштука, обёрнутого бумагой.
Диапазон нокана — больше двух октав. Высота звука меняется от флейты к флейте, так как ноканы изготавливаются вручную.

Кагурабуэ

Самая длинная из фуэ, около 45,5 см длиной. Используется в жанре микагура.